殼聚糖是甲殼素脫乙酰后的產物，甲殼素廣泛存在于自然界中，以節肢動物為主，主要分布如下：

（1）節肢動物  主要是甲殼綱，如蝦、蟹等，含甲殼素高達58%-85%；其次是昆蟲綱（如蝗、蝶、蚊、蠅、蠶等蛹殼等含甲殼素20%-60%）、多足綱（如馬陸、蜈蚣等）、蛛形綱（如蜘蛛、蝎、蜱、螨等，甲殼素含量達4%-22%)；

（2）軟體動物  主要包括雙神經綱（如石鱉）、腹足綱（如鮑、蝸牛）、掘足綱（如角貝）、瓣鰓綱（如牡礪）、頭足綱（如烏賊、鸚鵡）等，甲殼素含量達3%-26%；

（3）環節動物  包括原環蟲綱（如角窩蟲）、毛足綱（如沙蠶、蚯蚓）和蛭綱（如螞蝗）三綱，有的含甲殼素極少，而有的則高達20%-38%；

（4）原生動物  簡稱原蟲，是單細胞動物，包括鞭毛蟲綱（如錐體蟲）、肉足蟲綱（如變形蟲）、孢子蟲綱（如瘧原蟲）、纖毛蟲綱（如草履蟲）等，含甲殼素較少；

（5）腔腸動物  包括水螅蟲綱（中水螅、簡螅等）、缽水母綱（如海月水母、海蟄、霞水母等）和珊瑚蟲綱等，一般含甲殼素很少，但有的也能達3%-30% ；

（6）海藻  主要是綠藻，含少量甲殼素；

（7）真菌  包括子囊菌、擔子菌、藻菌等，含甲殼素從微量到45%不等，只有少數真菌如Olm ycetes和Triohamycetes不含甲殼素；

（8）其他動物的關節、蹄、足的堅硬部分，以及動物肌肉與骨接合處均有甲殼素存在。除此之外，在植物中也發現低聚的甲殼素或殼聚糖，一種情況是植物細胞壁受到病原體侵襲時，一些細胞壁中的多糖降解為有生物活性的寡糖，其中就有甲殼六糖，典型的例子是樹干受傷后，在其傷口愈合處發現了甲殼六糖；另一種情況是根瘤菌產生的脂寡糖，也是甲殼四糖、甲殼五糖和甲殼六糖。